要将内镜清洗消毒系统出口到日本并进行PMDA（Pharmaceuticals and Medical Devices Agency）认证，您可以按照以下步骤进行办理：

1. 委托代理商：根据日本的要求，通常需要委托日本的注册代理商来代表您进行申请和审批过程。注册代理商将帮助您处理相关文件、沟通和协调与PMDA的事宜。

2. 准备材料：收集和准备申请所需的文件和材料，包括但不限于产品说明、技术文件、性能测试报告、ISO认证证书、质量管理体系文件等。您需要确保文件和材料符合PMDA的要求。

3. 提交申请：通过您的日本注册代理商，向PMDA提交申请文件和相关资料。注册代理商将协助您填写申请表格，并确保文件符合PMDA的要求。

4. 审核和评估：PMDA将对您的申请进行审核和评估，包括对技术文件、性能数据和质量管理体系的审查。他们可能会要求补充信息或进行现场审核。

5. 批准和颁发认证：如果您的申请符合要求并通过审核，PMDA将批准并颁发医疗器械认证，证明您的内镜清洗消毒系统符合日本市场的要求。