要将内镜清洗消毒系统出口到马来西亚并进行MDA（Medical Device Authority）认证，您可以按照以下步骤进行办理：

1. 确定产品分类：首先，确定您的内镜清洗消毒系统在马来西亚的医疗器械分类中属于哪个类别。根据MDA的医疗器械分类规定进行分类。

2. 准备材料：收集和准备申请所需的文件和材料，包括但不限于产品说明、技术文件、性能测试报告、ISO认证证书、质量管理体系文件等。

3. 注册账户：访问马来西亚MDA的官方网站并注册一个账户，以便进行在线申请和通信。

4. 提交申请：使用MDA网站提供的在线申请系统，填写相关表格和信息，并上传所需文件。

5. 付费：根据申请类型和产品分类，支付相应的申请费用。费用可能因产品的复杂性和风险级别而有所不同。

6. 审核和评估：MDA将对您的申请进行审核和评估，包括对技术文件、性能数据和质量管理体系的审查。他们可能会要求补充信息或进行现场审核。

7. 批准和颁发认证：如果您的申请符合要求并通过审核，MDA将批准并颁发医疗器械认证，证明您的内镜清洗消毒系统符合马来西亚市场的要求。