要将内镜清洗消毒系统出口到泰国并进行TFDA（Thailand Food and Drug Administration）认证，您可以按照以下步骤进行办理：

1. 确定产品分类：首先，确定您的内镜清洗消毒系统在泰国的医疗器械分类中属于哪个类别。根据TFDA的医疗器械分类规定进行分类。

2. 准备材料：收集和准备申请所需的文件和材料，包括但不限于产品说明、技术文件、性能测试报告、ISO认证证书、质量管理体系文件等。

3. 注册账户：访问泰国TFDA的官方网站并注册一个账户，以便进行在线申请和通信。

4. 提交申请：使用TFDA网站提供的在线申请系统，填写相关表格和信息，并上传所需文件。

5. 付费：根据申请类型和产品分类，支付相应的申请费用。费用可能因产品的复杂性和风险级别而有所不同。

6. 审核和评估：TFDA将对您的申请进行审核和评估，包括对技术文件、性能数据和质量管理体系的审查。他们可能会要求补充信息或进行现场审核。

7. 批准和颁发认证：如果您的申请符合要求并通过审核，TFDA将批准并颁发医疗器械认证，证明您的内镜清洗消毒系统符合泰国市场的要求。